rocedimientos en Microbiología Clínica Recomendaciones de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica Editores: Emilia Cercenado y Rafael Cantón

Coordinador: M. Angeles Domínguez Autores: Pere Coll M. Teresa Coque M. Angeles Domínguez Julio Vázquez Jordi Vila

ÍNDICE DEL DOCUMENTO CIENTÍFICO: 1. Introducción 2. Métodos moleculares de tipificación en el laboratorio de microbiología 3. Características de los marcadores moleculares. Criterios para la elección de un buen marcador molecular. 3.1. Evaluación de los marcadores moleculares    3.1.1. Criterios que evalúan su eficacia    3.1.2. Criterios que evalúan su eficiencia    3.1.3. ¿Con qué colección de cepas deben evaluarse los marcadores epidemiológicos?    3.1.4. Análisis de los datos 3.2. Bibliografía específica 4. Análisis del ADN extracromosómico y de los elementos genéticos de transmisión horizontal 4.1. Plásmidos    4.1.1. Fundamentos y variantes técnicas       4.1.1.1 Crecimiento del cultivo bacteriano.       4.1.1.2. Centrifugación, lisis bacteriana y extracción del ADN plasmídico.       4.1.1.3. Purificación del ADN.       4.1.1.4. Digestión del ADN plasmídico.       4.1.1.5. Determinación del peso molecular de plásmidos.    4.1.2. Criterios para la interpretación de los resultados       4.1.2.1. Análisis de plásmidos sin restricción.       4.1.2.2. Análisis de perfiles de plásmidos tras restricción.    4.1.3. Indicaciones para la aplicación del análisis de plásmidos    4.1.4. Inconvenientes de la técnica 4.2. Análisis de otros elementos de transmisión horizontal (ETH)    4.2.1. Indicaciones para el análisis epidemiológico de ETH    4.2.2. Criterios para la interpretación de resultados 4.3. Bibliografía específica 5. Análisis del ADN mediante procedimientos de restricción e hibridación 5.1. Fundamentos y variantes técnicas    5.1.1. Hibridación con sondas específicas    5.1.2. Ribotipado    5.2. Procedimiento técnico       5.2.1. Subcultivo de la cepa       5.2.2. Lisis bacteriana       5.2.3. Extracción del ADN total       5.2.4. Restricción del ADN       5.2.5. Electroforesis       5.2.6. Transferencia       5.2.7. Hibridación       5.2.8. Revelado 5.3. Criterios para la interpretación de los resultados 5.4. Indicaciones 5.5. Inconvenientes de la técnica 5.6. Bibliografía específica 6. Análisis del ADN cromosómico mediante macrorrestricción: Electroforesis en campo pulsante (PFGE) 6.1. Tratamiento previo de los microorganismos    6.1.1. Crecimiento bacteriano    6.1.2. Lisis    6.1.3. Lavados    6.1.4. Restricción 6.2. Fundamentos y variantes técnicas    6.2.1. Componentes de un sistema de PFGE    6.2.2. Variables que afectan a la resolución del PFGE 6.3. Criterios para la interpretación de resultados 6.4. Indicaciones 6.5. Inconvenientes de la técnica 6.6. Bibliografía específica 7. Análisis del ADN mediante amplificación con PCR 7.1. Tratamiento previo de los microorganismos 7.2. Fundamentos y variantes técnicas 7.3. Criterios para la interpretación de resultados 7.4. Indicaciones 7.5. Inconvenientes de la técnica 7.6. Bibliografía específica 8. Análisis del ADN por secuenciación: Multilocus sequence typing (MLST) 8.1. Tratamiento previo de los microorganismos 8.2. Fundamentos y variantes técnicas    8.2.1. Aplicación directa sobre muestras clínicas en ausencia de cultivo    8.2.2. Multilocus Restriction Type (MLRT)    8.2.3. Aplicación de MLST mediante tecnología de micromatrices 8.3. Criterios para la interpretación de resultados 8.4. Indicaciones 8.5. Inconvenientes de la técnica 8.6. Bibliografía específica 9. Otras técnicas de tipificación molecular 9.1. Amplification fragment length polymorphism (AFLP) 9.2. Bibliografía específica 9.3. Micromatrices de ADN 9.4. Bibliografía específica ÍNDICE DE LOS DOCUMENTOS TÉCNICOS: PNT-MMT-01/ANÁLISIS DE ADN EXTRACROMOSÓMICO Y DE LOS ELEMENTOS GENÉTICOS DE TRANSMISIÓN HORIZONTAL: ANÁLISIS DE ADN PLASMÍDICO (Métodos de Kado-Liu y Birnboim-Doly) 1. Propósito y alcance 2. Fundamento 3. Documentos de consulta 4. Muestras 5. Medios de cultivo, reactivos y productos 6. Aparatos y material 7. Procesamiento 8. Obtención y expresión de resultados 9. Responsabilidades 10. Anotaciones al procedimiento 11. Limitaciones del procedimiento 12. Bibliografía PNT-MMT-02/ANÁLISIS DEL ADN MEDIANTE PROCEDIMIENTOS DE RESTRICCIÓN E HIBRIDACIÓN: ANÁLISIS DEL POLIMORFISMO DE RESTRICCIÓN ASOCIADO A IS6110 1. Propósito y alcance 2. Fundamento 3. Documentos de consulta 4. Muestras 5. Medios de cultivo, reactivos y productos 6. Aparatos y material 7. Procesamiento 8. Obtención y expresión de resultados 9. Responsabilidades 10. Anotaciones al procedimiento 11. Limitaciones del procedimiento 12. Bibliografía PNT-MMT-03/ANÁLISIS DEL ADN CROMOSÓMICO MEDIANTE MACRORRESTRICCIÓN: TIPIFICACIÓN MOLECULAR DEL ADN CROMOSÓMICO MEDIANTE ELECTROFORESIS EN CAMPO PULSANTE (PFGE) 1. Propósito y alcance 2. Fundamento 3. Documentos de consulta 4. Muestras 5. Medios de cultivo, reactivos y productos 6. Aparatos y material 7. Procesamiento 8. Obtención y expresión de resultados 9. Responsabilidades 10. Anotaciones al procedimiento 11. Limitaciones del procedimiento 12. Bibliografía PNT-MMT-04/ANÁLISIS DEL ADN MEDIANTE AMPLIFICACIÓN CON PCR: TIPIFICACIÓN MOLECULAR UTILIZANDO TÉCNICAS DE AMPLIFICACIÓN DE ADN RELACIONADO CON SECUENCIAS REP (repetitive extragenic palindrom) 1. Propósito y alcance 2. Fundamento 3. Documentos de consulta 4. Muestras 5. Medios de cultivo, reactivos y productos 6. Aparatos y material 7. Procesamiento 8. Obtención y expresión de resultados 9. Responsabilidades 10. Anotaciones al procedimiento 11. Limitaciones del procedimiento 12. Bibliografía PNT-MMT-05/ANÁLISIS DEL ADN POR SECUENCIACIÓN: MULTILOCUS SEQUENCE TYPING (MLST) EN Neisseria meningitidis 1. Propósito y alcance 2. Fundamento 3. Documentos de consulta 4. Muestras 5. Medios de cultivo, reactivos y productos 6. Aparatos y material 7. Procesamiento 8. Obtención y expresión de resultados 9. Responsabilidades 10. Anotaciones al procedimiento 11. Limitaciones del procedimiento 12. Bibliografía